后来到了天启年间，后金入侵辽东，朝廷调秦良玉千里迢迢赶到辽东助战，跟满洲八旗浴血奋战，娘家兄弟秦邦屏战死沙场，儿子马祥麟丢了一只眼睛，带来的白杆兵死伤惨重。
朝廷让她回乡征兵，到家之后，正遇到宣抚使奢崇明在重庆造反，派人带着金银收买秦良玉，秦良玉斩杀使者，立即率兵杀到重庆，后来又在成都大败敌军，一路收复失地，最后逼得奢崇明兵败自杀。
崇祯二年底那场北京保卫战，秦良玉也拿出家财充当军饷，率军来北京勤王。在没有李云崖的历史上，秦良玉以一大把高龄率兵征战，打过农民军，打过八旗军，最后一直站到南明永历二年病死。她打败过张献忠，生擒过副塌天，惠登相、王光恩等，击败罗汝才。最后山河破碎的时候，他的儿子马祥麟坚守襄阳，城破殉国，儿媳妇早在数年前战死在河南侯家庄，她的娘家兄弟、侄子，从老家带出来的乡兵多年来损者无数，可以说是满门忠烈。
高迎祥打下长安建国之后，李云崖跟孙承宗研究，要把高迎祥堵在西北，即不能让他进山西，也不能让他进四川，山西这边当时有洪承畴，四川那边想来想去，最后就用了秦良玉。
这回秦良玉出兵不用像过去那么苦逼了，军饷粮草全都充足不说，还给送来源源不断的火|枪，手|雷，迫击炮等武器，还让白杆兵分批到北京军校受训，秦良玉的两个孙子马万年、马万春，几个侄子等也都接到北京，年纪够大的就进入军校，年纪太小的就进学校，秦良玉刚开始还想是不是国师做妖，要用家属做人质，但几年下来发现完全不是那么回事，也就放下心来，专心在汉中练兵，高迎祥曾派兵南向十六次，想学刘邦占据四川跟西北，以此为根基争夺天下，都被秦老太太给打了回去。
这回孙传庭着急去打蒙古，就把老太太调出汉中，合击高迎祥，只是孙传庭动作太快，这时候传信不方便，等秦良玉率兵杀出来的时候，长安城已经拿下了，老太太二话不说，立即率军开始攻打罗汝才部，先让侄子秦翼明率兵杀去凤翔，挡住罗汝才西向之路，然后领兵直扑过去，一战就把罗汝才刚刚集结起来的残军打的分崩离析，他儿子马祥麟将罗汝才活捉，为大明朝这场西北战事画上一个比较圆满的句号。
很快，她就接到任命，为长安军区总司令，要她扫清甘陕两地的流寇盗匪，并在军校派来的教官协助下练新兵五万，镇守西北，虎大威则向北去追随孙传庭。
秦良玉以女子之身独掌一路军权，又让国人惊诧不已，秦良玉过去虽然也能掌一路，但都不过三千多人，招来的兵多是她家乡子弟，有时候还要自己出钱，不管国家怎么封赏，也不过是招讨使、诰命夫人之类的，最大的官职是都督佥事，充总兵事，就是相当于将军的助理，只不过代理将军，但到底做不上将军，如今朝廷命令封她做一军司令，在军权方面几乎相当于原来的督师，比总兵还要大上许多，这就让很多人接受不了，不过接受不了也没办法，李云崖在报纸上趁机发表文章，把秦老太太当作典型，鼓励更多的女子出来为国家，为民族尽自己的一份力！
就在孙传庭扫荡蒙古，卢象升进攻满清的同时，袁崇焕也接到命令，要他率领东海舰队出海，一面以海军消灭满清的水师战船，封锁海面，一面派海军陆战队进攻朝鲜，要他尽快将整个朝鲜拿下来，然后挥师西向，从鸭绿江一边攻击满清后方！
这一次，明朝三路出击，西路孙传庭率军八万，中路卢象升率军十二万，东路袁崇焕领海军两万，陆战队三万，共计二十五万，对满清展开全面战争，要一次性彻底决解北方边患！
其实现在出兵并不是最好的时候，大明朝的国力还不够强，这次即使灭掉满清，也要付出一些代价，最难的是战后对蒙古和辽东地区的统治，明朝刚刚积攒起来的元气，在战争中消耗一些，再往广袤的东北、蒙古、西北三地扩散，很容易一脚崴进泥里。
只是李云崖等不及了，人生苦短，他今年已经二十八岁了，再不努力，有生之年就完成不了他对朱由检许下的承诺，而且现在欧洲人已经满世界跑马圈地，把一船一船的金银珠宝，各种资源运回国去，他再不赶快伸手，整个地球就都要被人家给占完了。
他要尽可能快地解决北方的异族威胁，然后杀向大洋，跟欧洲人研究瓜分整个地球！
按照原定计划，李云崖跟船出海去朝鲜，朱由检就此回北京，但这会朱由检犯了牛脾气，也非要跟着不可，李云崖苦劝：“我的皇上啊，整个大明朝就咱们两个能整合全局的，咱俩不能一起身临险地啊，万一有个好歹，会有什么后果你要知道。”
“我知道！”道理朱由检都知道，但他还是要去，“像你说的，生于深宫之中，长于妇人之手，怎么能治理好国家？我连正常行军一天走多少里路都不知道，如何配做全军统帅？这是我大明朝立国以来最重要的一次战争，我一定要参加！你不用担心别的，在来之前我已经留好了遗诏，如果我出现什么不测，就让烺儿继位，虽然他还小，但只要继续执行新法，又有诸多大臣们扶助，国家绝不会乱！”他又激动起来，前些日那场海上阅兵给他刺激太大了，他从记事开始，明朝就被满清压着打，这场战争对他来说意义太重大了，“你不必再劝，不管是蒙元还是满清，皆是我国历代之大患，数有亡国灭种之患，当年太|祖起于毫末之间，驱除胡虏，恢复中华，创立大明！成祖先后六次领数十万雄师扫荡蒙古，后来又有正德先帝于应州战退鞑靼王子，朱家子孙，于胡虏面前，绝无惜命惧战之理，此一战，若能彻底剿灭胡虏，即承太|祖遗志，而利在中华万代子孙，你若定要阻拦，我回京之后便正式下诏，御驾亲征，跟卢象升去打沈阳！”
“好了好了好了好了……”李云崖赶紧制止，“咱们还是去朝鲜吧，只是你虽然是皇帝，但也不用大张旗鼓，咱们领一帮人在后方跟着就好。”
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