在关于西洋传教士汤若望的争论中，刘宗周的主张更暴露出当时儒学已经缺乏应变能力。崇祯帝在万般无奈的情况下，打算用汤若望制造火器，希望利用西洋的先进技术，解决内忧外患问题。如果崇祯此举能顺利进行，也许中国可以从此由冷兵器时代进入火器时代，并由兵器制造业引发一场工业革命，甚至中国近四百年的历史都要重写。但是，刘宗周坚决反对重用汤若望，更坚决反对制造火器。他说：“臣闻用兵之道，太上汤武之仁义，其次桓文之节制，下此非所论矣。”“今日不待人而恃器，国威所以愈顿也。”“火器终无益于成败之数。”他把汤若望看成异端之人，请崇祯“放还本国，以永绝异端之根。”他坚持“仁义”说，反对革新兵器，更拒绝接纳西洋的天主教。
崇祯帝急于求治，刘宗周却说先治心，崇祯帝要求才望之士，刘宗周却说操守第一；崇祯帝访问退敌弭寇之术，刘宗周却说仁义为本。故崇祯说他“愎拗偏迂”，又一次将他革了职。这一年刘宗周六十五岁，这是他第三次被革职。他在《与祁世培书》中说：“抱头南下，便无面目见江东父老。”
革职后，刘宗周继续进行学术活动，发挥“心诚”、“慎独”的学术思想，对宋明理学进行了总结，此时丞相吴应熊南渡主政，刘宗周又满怀热情来推销他的“慎独”思想，但他听吴应熊的言语，比崇祯皇帝还要求“实用”，他于是心灰意冷，站起来说：“丞相，先帝（指崇祯）之变，臣宜死；欲苟活之故，乃思烛火之躯报国也。今难以报国，乞归于山野。”
说实话，吴应熊对刘宗周还是很佩服的，他的学问虽然保守，但毕竟知行合一，历史上他效法伯夷叔齐绝食而终，私德也没什么亏欠，但是他的慎独学说，现在绝对不适合1644年的大明。
人各有所长，吴应熊知道大明现在最需要什么样的人才，刘宗周虽素负清望，但毕竟只是一位饱读诗书的学者、思想家，而不是一位运筹帷幄的政治家，不如将刘宗周从宦海漩涡之中解脱出来，让他把更多的时间投入讲学与著述之中，也算是成人之美，于是，吴应熊说：“刘大人既然要归，本丞相批准了，你就挂着左都御史官衔，饷银照发，回乡里著作讲学吧。君子慎独，于政治无益，但对个人修身来说，还是大有裨益的。”
“多谢丞相理解。”刘宗周知道吴应熊这么做，已经很给他面子了，赶紧谢恩。
这时，礼部侍郎钱谦益觉得自己受辱，也想以退为进，辞官回乡，这样还能博得个好名声，他也站起身说：“丞相既然看不上吾东林一党，钱某也就此归隐。”
“钱大人，刘大人很干净，他回乡本丞相多少觉得有点可惜。你以前犯下了滔天大罪，可没那么容易跑掉！”吴应熊厉声道。
“啊？钱某所犯何事？”钱谦益自诩为东林党的精神领袖，谦谦君子，见吴应熊这么一说，脸上严肃的神情不像开玩笑，额头上直冒冷汗！
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