平息了南京朝堂上的党争，吴应熊很快查出了攻击阮大铖的幕后人物，正是东林党的领袖钱谦益。
此时，钱谦益正为自己摆平了江南的商业税问题而沾沾自喜，想要邀功。
吴应熊却并不买账，因为大明的商业税税率很低，三十税一。而且吴应熊在各地专门设置了征收商业税的税务稽查所，明文规定，只要商人足额交税，各地官员不得再有任何刁难；偷税漏税者入狱，没收家产。
商人们专心做生意，付出并没有比以前增加很多，推广起来并不困难。以前只是东林党人阻挠才没收起来。
为了彻底平定江南的党争，吴应熊将阮大铖免职，抄家，得白银上百万两，黄金十万两，全部充当军饷——因为吴应熊很快查清楚了，阮大铖当兵部侍郎后编了《蝗蝻录》（诬东林党为蝗，复社为蝻），据《留都防乱公揭》署名捕杀，黄宗羲等上百人被捕入狱。
为了以示公允，吴应熊将南京因受党争而入狱的数百人全部释放，这其中就包括三十四岁大才子的黄宗羲——崇祯四年，张溥在南京召集“金陵大会”，当时恰好也在南京的黄宗羲经友人周镳介绍参加复社，成为社中活跃人物之一，黄宗羲与万泰、陆符及其弟黄宗炎、黄宗会等还在余姚组织过“梨洲复社”，《留都防乱公揭》他有参与署名，所以被抓。
一时间，江南士子对吴应熊刮目相看，民心大快！
吴应熊趁热打铁，将钱谦益也免职，然后在江南推行新儒家运动——江南繁荣的经济和生产力，已经和传统的儒家思想发生了激烈冲突，必须来一场思想革命，不过，大明现在千疮百孔，内忧外患，路要一步步走，不能从封建社会跑步进入资本主义，必须先打牢思想基础。
吴应熊不想步子迈得太大，所以决定从革新儒家文化开始，他派人在江南贡院贴了相府的“招贤榜”，凡是对儒家思想有新见解的人，都可以到南京的国子监报名，经过吴应熊的选拔，可以进入吴应熊的相府当幕僚，这“招贤榜”还在《新江南日报》上刊登，并特别注明了应征“不问出身，无需功名，不念过往，唯才是举”！
能进入吴应熊的相府当幕僚，在封建社会相当于一步登天，一时间，江南的士子们热血沸腾了，尤其是那些没有考取过功名的，再也不管什么钱谦益和东林党，争相报名。
最后，短短十天，报名的读书人多达一万人。
吴应熊亲自出题，题目就叫《儒家的变迁和未来》，每一位考生的考试时间不限制，要求考生知无不言，言无不尽。
吴应熊亲自带着满云龙等禁军监考，选拔幕僚，在这次考试中，三十四岁的黄宗羲、三十一岁的顾炎武、二十五岁的王夫之、三十三岁的方以智等七十二人脱颖而出，他们的思想，显示出晚明社会的思潮其实已经很进步。
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